Ειδοποιηθέντες ότι ωλοκληρώθη η ενθρόνισις, οι δήμιοι έσυρον εκ του παντοπωλείου τον καθαιρεθέντα Πατριάρχην, όστις διήνυε το εβδομηκοστόν έκτον έτος της ηλικίας του. O όχλος ωρύετο. Εις τας γύρωθεν ελληνικάς κατοικίας βουβός θρήνος και οδύνη, φρίκη και τρόμος. Εις το λιθόστρωτον, ο Γρηγόριος φανερώς εξηντλημένος, ωχρός και άσαρκος εκ του γήρατος, εσέρνετο υπό των δημίων παρά επεριπάτει. Φθάσαντες εις την μεσαίαν πύλην του Πατριαρχείου, προσεπάθησαν να στήσωσιν αγχόνην επί αυτής, αλλά το ύψος της εκρίθη χαμηλόν.
Επί μίαν ώραν εμάχοντο ίνα στερεώσωσι δοκόν άνωθεν αυτής και επί του τοίχου. O Γρηγόριος ανέμενεν το οδυνηρόν τέλος σφαλίσας τους οφθαλμούς και κλίνας την κεφαλήν του επί του δεξιού του ώμου, ομοιάζων με κοιμώμενον χελιδόνιον.
Oι δήμιοι κατώρθωσαν εις το τέλος να στερεώσωσιν την δοκόν. O όχλος αδημονούσε και εξύβριζεν τον Πατριάρχην, ενώ εκείνος ούτε διά μίαν στιγμήν δεν ήλλαξε στάσιν. Μόνον όταν ο μποσταντσίμπασι, ήτοι ο αρχηγός της φρουράς του σουλτάνου, ήρχισε να απευθύνη εις αυτόν το κατηγορητήριον, εφάνη να εταράχθη ως ξυπνά τις βιαίως εκ βαθέος ύπνου. Εξεφώνησε δε τας κατηγορίας τουρκιστί και διά του δραγουμάνου του ελληνιστί, καταλήξας:
«Κακούργε, εσύ δεν είσαι που διέφθειρες τους δούλους του σουλτάνου, του καταφυγίου του κόσμου; Εσύ δεν είσαι που έσπρωξες τους απίστους υπηκόους εις την ανταρσίαν; Εσύ δεν είσαι, σκύλε βρομερέ, που έκαμες αυτές τις προδοσίες;»
Απόκρισιν δεν έλαβε. Εσήκωσε μόνον την χείρα του ο Γρηγόριος, ως να ευλόγει τα πλήθη· εκείνα των κραυγαζόντων Oθωμανών και των ολίγων Ελλήνων οι οποίοι μακρόθεν και κυρίως εκ των παραθύρων παρηκολούθουν το μαρτύριόν του.
O αφρικανός δήμιος ανήλθε εις την ξυλίνην κλίμακα. O αρνησίθρησκος Αχμέτ έσπρωξε τον Γρηγόριον διά να πλησιάση. Εις γιγαντόσωμος αχθοφόρος έσκυψεν και ο Αχμέτ τον ηνάγκασε να καθίση επί του αυχένος και των ώμων του. O αχθοφόρος εσηκώθη με τον Πατριάρχην ομοιάζοντα ως εξέχον σμικρόν μαύρον ιστίον. Τα πλήθη των Oθωμανών, έχοντα πλέον θέαν ανεμπόδιστον, ωρύοντο.
O δήμιος έθεσε εις τον λαιμόν του Πατριάρχου την αγχόνην. O αχθοφόρος γονατίσας, ηλευθερώθη εκ του ελαχίστου βάρους του ιεράρχου. Το σώμα του Γρηγορίου, ευρεθέν μετέωρον, ετραντάχθη τινάς φοράς. Κατά την εναγώνιον στιγμήν ταύτην, έπεσεν το καλημαύκιόν του και εβιάσθη ο μποσταντσίμπασι ίνα το τοποθετήση εκ νέου εις την κεφαλήν του, όπου ολίγη λευκή κόμη απέμενεν. Πλέον οι οφθαλμοί του ήσαν ολάνοιχτοι και η κεφαλή του έκλινεν προς τον δεξιόν ώμον. Εν τούτοις, εκ του στόματός του εισήρχετο ακόμη ζωηφόρος αήρ ως συριγμός και ρόγχος θανάτου.
Το μικρόν βάρος του Γρηγορίου παρέτεινεν το μαρτύριον επί πολλήν ώραν. Με την δύσιν του ηλίου και διά των τελευταίων σπασμών, ελυτρώθη επιτέλους από την βάσανον και ηλευθερώθη η ψυχή του. O μποσταντσίμπασι έθεσεν επί του στήθους του απαγχονισθέντος Πατριάρχου τον λεγόμενον γιαφτάν, ήτοι το καταδικαστικόν έγγραφον.
«O άπιστος ούτος έγινεν ο πρωταίτιος όλων των αναφυεισών ταραχών… ανάγκη ήτο να λείψη ο άνθρωπος ούτος από του προσώπου της γης, και διά τούτο εκρεμάσθη προς σωφρονισμόν των άλλων».
Η μόνη αλήθεια εμπεριέχετο εις την ακροτελεύτιαν φράσιν, εφόσον όμως αντεκαθίστατο το γεγραμμένον «προς σωφρονισμόν» επί το ορθότερον «προς εκφοβισμόν».